食肉衛生検査所は、家畜や家きんの疾病の状況や衛生状態を踏まえて、食品衛生上の危害を防止する仕事をしています。
牛、豚、馬、めん羊、山羊のと畜検査
牛、豚、馬、めん羊、山羊の肉や内臓を食用にするには、と畜場（「と畜場法」で定められた家畜をとさつ・解体する施設）において獣医師の資格を持つと畜検査員が行う様々な検査に合格しなければなりません。
《と畜検査の流れ》
生体検査
と畜場に搬入された家畜は、病歴に関する情報等を確認した上で、とさつする前に、望診（外見を観察する）や触診（手で体表を触る）、聴診（心音、呼吸音を聴く）、体温測定により、病気を患っていないかを判断します。
解体前検査
と殺や放血の時に、血液が固まっていないか、色や臭いに異常はないか、などを観察します。
内臓検査・枝肉検査（解体後検査）
枝肉（と体から頭、皮、内臓が外されたもの）と内臓は、それぞれ望診・触診し、必要に応じて検査刀で切り開いて、食用に適さないと判断した部分を廃棄します。廃棄の原因となる病変や異常が家畜の全身に及ぶ場合は、その個体全てを廃棄します。
精密検査
望診や触診で判断しがたい病変や異常がみられた場合は、必要に応じて微生物学検査・病理組織学検査・理化学検査を行い、食用の適否を判定します。
TSE検査
神経症状、起立不能等TSEが疑われる牛（24ヵ月齢を超えるもの）、めん羊及び山羊では、延髄を採取しELISA法によるTSEスクリーニング検査を行います。
以上の検査に合格した個体の枝肉と内臓は、都道府県名及びと畜場番号入りの検印が押され、食肉として流通することができます。
食鳥の検査
鶏・あひる・七面鳥である食鳥については、年に30万羽を超える羽数を処理する大規模食鳥処理場の場合、「食鳥処理の事業の規制及び食鳥検査に関する法律」に基づき1羽ごとに獣医師である食鳥検査員による生体から内臓摘出後の検査を受けた上で食用に用いることが定められています。
《食鳥検査の流れ》
生体検査
と殺前に、群（ロット）毎に死鳥が多数いないか、ケース（運搬用かご）が不必要に汚れていないか、極度にやせたものがいないか等を検査します。
脱羽後検査、内臓摘出後検査（同時検査）
羽毛を抜かれたと体の体表及び内臓が除かれたと体内面並びに内臓の大きさ、色調、出血、腫瘍等の異常について望診し、病変や異常が認められた部分を切除・廃棄します。異常等が全身に及ぶものは、と体及び内臓全てを廃棄します。
以上の検査に合格した食鳥個体は、食鳥肉として流通することができます。
衛生監視と指導
食肉、食鳥肉に起因する腸管出血性大腸菌O-157、サルモネラ、カンピロバクター等の食中毒を未然に防ぐためには、消化管内容物によると体表面や施設への汚染に対する衛生管理が重要であることから
1．牛、豚の枝肉及びと畜場や食鳥処理場の拭き取り検査
2．カット場（食肉処理業許可施設）を含めた衛生監視指導
を定期的に実施しています。
